Η Ελαφόνησος βρίσκεται στο νοτιοανατολικό άκρο της Πελοποννήσου και ανήκει στο νομό Λακωνίας. Χωρίζεται από την απέναντι ακτή από έναν ρηχό πορθμό πλάτους 150μ. Το νησί είναι επίμηκες με το μεγαλύτερο μήκος στα 1.500μ. και το μεγαλύτερο πλάτος στα 500μ. παρόλο που το μεγαλύτερο μέρος του έχει πλάτος 150-300μ. 
Το μεγαλύτερο υψόμετρο (39μ.) παρατηρείται στο βραχώδες δυτικό τμήμα ενώ η υπόλοιπη περιοχή είναι κυρίως πεδινή και αμμώδης. Βράχοι και κρημνά εντοπίζονται στην περιφέρεια κατά μήκος της ακτογραμμής (με την εξαίρεση της ανατολικής γωνίας του νησιού).
To νησί της Ελαφονήσου παρουσιάζει μεγάλο οικολογικό ενδιαφέρον με τους σπάνιους φυτικούς και ζωικούς οργανισμούς που διαθέτει. Λόγω του ιδιαίτερου φυσικού κάλλους της περιοχής, το νησί έχει χαρακτηριστεί ως Τόπος Κοινοτικής Σημασίας του δικτύου ΝΑΤURA 2000 (GR2540002) -σύμφωνα με την Οδηγία 92/43/ΕΟΚ του Συμβουλίου της 21ης Μαΐου 1992 για τη διατήρηση των φυσικών οικοτόπων και της άγριας πανίδας και χλωρίδας.
Η περιοχή κατέστη προστατευόμενη καθώς χαρακτηρίζεται από την κυριαρχία αμμοθινών με το σπάνιο είδος κέδρου, ενδημικών ειδών χλωρίδας αλλά και ειδών πανίδας. Οι αμμοθίνες, οι οποίες θεωρούνται δυναμικά και ευαίσθητα οικοσυστήματα, έχουν χαλαρό αμμώδες υπόστρωμα και αραιή βλάστηση και αναπτύσσονται μετά τη ζώνη που ξεπλένει το κύμα.
Τα φυτά που ευδοκιμούν εκεί είναι η αμμόφιλα (Ammophila arenara), η Αγκαθιά (Eryngium maritimum) και ο απειλούμενος με εξαφάνιση «Κρίνος της Θάλασσας» (Pancratium maritumum).
Όταν ύστερα από ανθρώπινη επέμβαση η βλάστηση των αμμοθινών καταστραφεί ή διασπαστεί τοπικά τότε ο άνεμος παρασύρει την άμμο σε μεγάλες ποσότητες και σκεπάζει αγρούς, λιβάδια ή υγρότοπους και έτσι διαταράσσεται η σταθερότητα της αλυσίδας.
Επίσης, στις τεράστιες παραλίες της Ελαφονήσου, πάνω στην άμμο αλλά και στη λίμνη Στρογγύλη κυριαρχεί ένα άλλο είδος, το θαλασσόκεδρο Juniperus oxycedrus ssp Marcocarpa που είναι από τα πιο σπάνια του Αιγαίου και της Μεσογείου.
Άλλοι τύποι οικοτόπων που υπάρχουν είναι οι βραχώδεις εκτάσεις με τα Φρύγανα, 
οι απόκρημνες βραχώδεις ακτές αλλά και οι αβαθείς κολπίσκοι και κόλποι. Ακόμη, η περιοχή αποτελεί πέρασμα-σταθμό καθώς και τόπο αναπαραγωγής πολλών μεταναστευτικών πουλιών.
Εξίσου σημαντική είναι και η εμφάνιση σπάνιων ειδών αμφίβιων και ερπετών όπως η θαλάσσια χελώνα careta-careta που αναπαράγεται στην περιοχή της λίμνης Στρογγύλης. Η λίμνη Στρογγύλη, η οποία έχει καταγραφεί ως υγρότοπος, παίζει σημαντικό ρόλο στην ισορροπία του οικοσυστήματος της ευρύτερης περιοχής.